Les collections du musée de bande dessinée sont présentées comme dans un Musée de Beaux-Arts, un Musée d’histoire, un Muséum d’Histoire Naturelle, un Musée de société, un Musée de sciences et techniques, une Galerie d’art contemporain.
C'est une présentation poétique qui allie humour et onirisme, innovation et tradition. Elle associe un média moderne, la bande dessinée, difficile à définir en tant qu’objet de musée puisqu’il se situe entre l’œuvre originale et l’objet de consommation multiple, à des institutions muséales classiques, qui ont l’habitude de mettre en scène des objets uniques représentatifs de la culture universelle.